Античное мышление с его умозрительным проникновением в строение вещества и причины его превращений принципиально не могло соединить представление об атомах с процессом образования нового химического соединения. Тот факт, что свойства соединения отличны от свойств его компонентов, требовал признания потери атомами при образовании соединения своей индивидуальности, а это вступало в противоречие с идеей о его неизменности и вечности. Так, в течение многих последующих веков, вплоть до Нового времени, элементаристские и атомистические взгляды оказались разобщенными, причем идея элемента (как субстанциального качества) стала господствующей (аристотелизм).