К XV в. наметилась тенденция к постепенному угасанию златоискательской идеи, что повлекло за собой некоторое расширение задач алхимии. В это время большое распространение получила лекарственная алхимия, основным объектом которой стал человеческий организм. К началу XVI в. лекарственная алхимия оформилась в отдельное направление, которое получило название ятрохимия (или иатрохимия, от греческого слова «иатрос» - врач). Немецкий врач XVI в. Парацельс писал, что настоящая цель химии должна состоять «не в делании золота, а в приготовлении лекарств». В трудах Парацельса была развита идея о гармонии «химических» функций здорового организма и нарушении этой гармонии при болезнях. Разделяя алхимические представления об элементах-принципах – ртути, сере и соли – Парацельс высказал идею об определенном содержании этих начал в теле человека, изменение нормального соотношения которых вызывает заболевания. Факт сближения рассмотрения «элементарного состава» металлов и человеческого организма был интересным аспектом ятрохимических концепций.

В XVI – XVII вв. во многом благодаря трудам ятрохимиков наметилось проникновение алхимического теоретизирования в практическую деятельность ремесленников. Появились собственные труды технохимиков, например А. Либавия («Алхимия»), Г. Агриколы («О горном деле и металлургии, 12 книг»), В. Бирингуччо («Pirotechnia») и др., суммирующие опыт извлечения металлов из руд, приготовление пиротехнических средств и т.п., носящие прикладной, утилитарный характер. Сочинения ятрохимиков, например, А. Либавия, содержали не только описания, но и рекомендации по усовершенствованию химических операций практического характера. Практическая химическая деятельность стала, таким образом, восприниматься как объект для изучения. Результатом включения ремесленной технохимической деятельности в контекст ятрохимических (и алхимических) рассуждений стало преобразование к XVII в. химических ремесел в систему химической технологии. В трудах ятрохимиков наметился важный позитивный сдвиг в химическом мышлении, который проявился в придании элементу большего вещественного статуса (хотя ощутимая доля абстрактности  в понимании вещей сохранилась).